MT ではテンプレートごとに出力文字エンコーディングを変更することはできませんか？
そのままではできないようですが Plugin を実装すれば可能です。
Plugin の実装には MT 付属のドキュメントの他に
- Movable Type API Hacks その3 - プラグイン開発
- http://www.sixapart.jp/movabletype/developers/naoya/archives/2004/11/movable_type_ap.html
- MovableTypeのプラグイン作成(邦訳)
- http://fenrir.naruoka.org/archives/000106.html
あたりが参考になります。（記事はちと古いか・・・）