PHP にはバイナリ形式の実行もあるのですか？
あります。 Zend Encoder (http://www.zend.co.jp/products/encoder/) によってテキスト形式の PHP スクリプトをバイナリ形式に変換することができます。
これを利用することでリバースエンジニアリングや改竄を防ぐことができます。また、実行には Zend Optimizer (http://www.zend.co.jp/products/optimizer/) が必要となるため、結果的に実行速度の向上も期待できます。